Class Notes: Methods to Map QTL Contents

1 Basic Concepts 2 1.1 Terminology and Definitions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1.2 Hardy-Weinberg Equilibrium . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1.3 Gametic Equilibrium . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 1.4 Crossingover and Recombination . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 1.5 Interference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 1.6 Map Distance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 1.7 Map Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 1.8 Computation of Recombination Probabilities . . . . . . . . . . . 7 1.9 Maximum Likelihood . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10 1.10 EM Algorithm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 1.11 Significance Tests . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 1.12 Bayesian Inference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17 1.13 The Gibbs Sampler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18 1.14 Metropolis-Hastings Algorithm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18